Chaque jour dans notre pays, mouvements terroristes et services de renseignements se livrent une guerre sans merci au nom d'idéologies que tout oppose. Pourtant, terroristes et agents secrets mènent presque la même vie.
Condamnés à la clandestinité, ces stratèges de la manipulation obéissent aux mêmes méthodes. Alex et Al Barad sont deux d'entre eux. A la tête du contre-terrorisme de la DGSE (Direction Générale de la Sécurité Extérieure) pour l'un et d'un réseau terroriste pour l'autre, ils s'affrontent en utilisant les armes dont les plus redoutables : les êtres humains.
Secret défense raconte leur guerre secrète à travers les destins de Diane, une étudiante recrutée par les services secrets français, et de Pierre, un paumé qui croit trouver son salut dans le terrorisme.
Formés et endoctrinés pour des missions qui les dépassent, tous deux sont pris dans un engrenage auquel ils ne semblent pas pouvoir échapper.
Seront-ils, l'un et l'autre, sacrifiés au nom de leurs "nobles" causes ?